Tình trạng phân quyền đã giúp cho nông dân Thổ Phồn, bất mãn với tình hình chính trị hỗn loạn, nổi dậy chống lại các chính quyền địa phương. Các cuộc nổi dậy chia Thổ Phồn thành vô số tiểu quốc riêng biệt, tự chủ [5]. Giữa những năm 842-1247, có nhiều tiểu quốc nổi lên nhưng không có thế lực nào thống nhất được Thổ Phồn. Thời kỳ này kết thúc khi người Mông Cổ tiến vào Tạng và thành lập Tuyên Chính Viện thuộc Nguyên.

Một nguồn tin truyền thống cho rằng, thời kỳ phân liệt là điểm trũng trong sự phát triển của Phật giáo Tây Tạng, khi các tăng lữ bị đàn áp và lưu đày. Các tăng lữ chỉ còn lại tại khu vực Amdo, vốn nằm ngoài khả năng kiểm soát của người Tạng khi ấy mãi cho tới thế kỷ thứ 10 [2].

Cũng theo nguồn này, trong thời kỳ trị vì của vua Langdarma, ba nhà sư đã chạy trốn tới núi Dantig tại Amdo. Đệ tử của họ là Muzu Selbar, hay sau này được biết tới như là học giả Gongpa Rapsel (935-1035 [8]), đã chịu trách nhiệm chấn hưng Phật giáo tại vùng đông bắc Tạng. Đồ đệ của Rapsel sau đó đã quay trở lại Ü-Tsang và phục hưng Phật giáo Tây Tạng. Các sử gia hiện đại lại có cái nhìn khác về thời kỳ này, họ cho rằng Phật giáo trên thực tế vẫn phổ biến và các chính trị gia địa phương đều có quan hệ gần gũi với các nhà lãnh đạo Phật giáo [2].